外線按其生物學作用的差異，可分為UV-A(320-400nm)、UV-B(275-320nm)、UV-C(200-275nm)和真空紫外線部分。水處理中實際上是使用紫外線消毒器紫外線的UV-C部分，在該波段中260nm 左右已被證實是殺菌效率 高的紫外線。

紫外線消毒器集光學、微生物學、機械、電子、流體力學等綜合科學原理為一體。紫外線消毒器采用高效率、高強度和超長使用壽命的強紫外UV-C光照射流水，當水中的細菌、病毒等受到紫外線消毒器紫外UV-C光（波長253.7nm）照射后，其細胞DNA及結構被破壞，細胞再生無法進行，從而達到水的消毒、殺菌和凈化效果。而波長185nm的譜線還可以分解水中的有機物分子，產生氫基自由基并將水中有機物分子氧化為二氧化碳，從而達到去除TOC的目的。